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約100種類にもおよぶ腸内細菌は、他の細菌と同じように形態やグラム染色性、好気性、嫌気性などで分類されます。その中には、働きや人体に対する影響から乳酸菌やビフィズス菌等のように良い働きをする有用菌と、大腸菌やブドウ球菌等のように悪い働きをする有害菌がいるのです。乳酸菌というのは「乳糖やブドウ糖を分解して大量の乳酸をつくる細菌」の総称です。乳酸菌は形の上から球状の球菌と棒状をした桿菌に分けられます。またその性質から、空気、つまり酸素のある無しに関わらず増殖できるグループ（通性嫌気性菌：乳酸桿菌、乳酸球菌）と、空気のあるところではほとんど生育できないグループ（偏性嫌気性菌：ビフィズス菌）に大別されます。
乳酸菌の種類は多く、自然界のあらゆるところに分布していますが、その全てが人間の腸内で生きられるものではありません。人間の腸内で働くためには、まず胃液や胆汁の殺菌力に耐えて生きたまま腸内に到達できることが必要なのです。